בן רות וזאב בנימין. נולד ביום י"ב בטבת תש"ל (21.12.1969) בירושלים. אח למירב, מיכל, נעמה, אבינדב ואביטל.

יונתן למד בבית-הספר היסודי "יפה נוף" ובבית-הספר התיכון "זיו" בירושלים.

היה חניך ופעיל בתנועת הצופים ויצא מטעמה כחבר במשלחת קירוב לבבות בארצות-הברית.

עם תום לימודיו התנדב עם חבריו לגרעין "חצץ" לשנת שירות, בה סייעו לילדים במצוקה בחיפה.

יונתן התגייס לצה"ל בשנת 1988 ושירת תחילה בגרעין נח"ל בקיבוץ כפר חרוב שברמת הגולן. אחר כך הצטרף לקורס טיס ועם סיומו היה לטייס במערך ה-F16. הוא שירת כמפקד מגמת קרב בבית-הספר לטיסה ובהמשך כסגן מפקד טייסת בבסיס רמת דוד.

עם סיום תפקידו החל ללמוד באוניברסיטת חיפה בחוגים לפילוסופיה ולמחשבים.

בשנת 1996 הוא נישא לניבה ארד, אותה הכיר בעת שירותה כקצינה בחיל-האוויר, ובקיץ 1999 נולדה בתם שירה.

ביום כ"א באדר ב' תש"ס (27.3.2000) נפל יונתן במהלך טיסת אימון עם הנווט ליאור הררי.